La pressione del regime comunista contro la Chiesa aumentava e anche P. Metodij, come superiore dei redentoristi greco-cattolici, ne sentiva gli effetti. Fu abolito lo juvenato a Michalovce e soppressa una rivista molto popolare. Fu disciolta la stessa viceprovincia, cosicché i redentoristi greco-cattolici dovettero passare sotto la viceprovincia dei redentoristi di rito latino. P. Trčka fu di nuovo costretto ad andare via da Michalovce. Per dimora scelse il convento di Sabinov, da dove in seguito guidava segretamente i membri della viceprovincia. Visitò gli studenti a Obořiště e i novizi a Červenka. "Non era angustiato, ma sempre pieno di fede viva." Esortava i confratelli, assicurandoli che le loro "sofferenze non saranno inutili, perché Dio permette, ma non abbandona." Questa situazione perdurò fino alla Notte barbara, quella tra il 13 e il 14 aprile 1950.

Il giovedì di pasqua 13 aprile, alle undici circa della notte, si udì uno schianto molto forte alla porta del convento. Quando il fratello Nikifor aprì la porta della casa, vide davanti a sé i delegati venuti a sopprimere la comunità dei redentoristi di Sabinov. P. Ján Ďurkáň e P. Efrém Kozelský furono portati a Prešov e P. Trčka e fratello Nikifor a Podolínec. Il delegato di Stato dopo l'occupazione del convento mandò notizia agli ufficiali: "... nei documenti ho trovato materiale compromettente, una lettera di P. Mastiliak del 1937, in cui ringrazia da Roma per le notizie molto belle provenienti dalla slovacchia orientale. La lettera è indirizzata a P. Trčka... E' stato trovato anche il passaporto di P. Metodij Trčka. Queste lettere insieme con altro materiale sono state prelevate dalla polizia segreta di stato. Le intenzioni di Trčka circa il suo passaggio all'estero sono confermate anche in questa circostanza, infatti un giorno prima ha cercato astutamente una nuova legittimazione, probabilmente sotto altro nome, poiché è stato dal barbiere di Sabinov a cui ha detto che si sarebbe fatto tagliare la barba."

        Poi per questo "materiale a carico", trovato nel convento, cioè la semplice lettera di un confratello e la storia inventata del suo tentativo di fuga all'estero con il passaporto falso, P. Metodij fu condannato a 12 anni di sofferenza nelle carceri. Ricevette questa croce con speranza e fiducia in Dio, che dà la croce ma anche la forza per sopportarla.