All'inizio del 1951 la nipote di P. Trčka la signora Mikišová scrisse agli uffici statali di Bratislava e di Praga, chiedendo la liberazione di P. Trčka, o che almeno fosse trasferito, in quanto cittadino della nazione ceca, da Podolínec in Moravia, più vicino alla sua dimora e - se possibile - di poterlo prendere in casa e curarlo a spese proprie, perché suo parente. La risposta alla richiesta arrivò solo a luglio e fu negativa. Nel biglietto vi era scritto: "La sua richiesta del 20 maggio 1951 sulla liberazione di suo zio P. Dominik Trčka, o di un suo trasferimento nella reppublica ceca, non può essere accolta. Le assicuriamo che suo zio è oggetto di buone cure a tutti i livelli e bisogna confidare che un giorno suo zio sarà dimesso." Affermavano il vero attestando che fosse ben accudito: era infatti guardato a vista dai custodi del carcere!
        Nel campo di Podolínec c'era lo stesso programma di una prigione, ma i sacerdoti ed i religiosi non permettevano di scoraggiarsi. Si esortavano gli uni gli altri e, cosa molto importante, potevano pregare, celebrare la Santa Liturgia e le feste ecclesiastiche. Anche grazie a questo P. Trčka potè scrivere da Podolínec: "La processione della Pasqua è stata molto bella, nel nostro cortile, ma il giorno dopo è caduta troppa neve." Trattamento più duro era riservato ai prigionieri che aspettavano l'interrogatorio e poi il carcere. Vivevano sotto pressione psichica, sempre nell'incertezza del futuro. A questo gruppo apparteneva anche P. Trčka. Michal Fitz nel suo registro dei 72 internati preti greco-cattolici a Podolínec, al 1° agosto 1951 nomina ancora P. Dominik Trčka, redentorista, ma l'8 agosto lo ritiene già nella cella d'interrogatorio. P. Jan Ďurkáň, suo confratello e compagno di prigione a Podolínec, in proposito ricorda: "Fui testimone oculare, come con passi da soldato é andato verso la macchina fermandosi accanto ad essa, venuta appositamente per lui, per portarlo al carcere per via di un'accusa inventata. Come avesse voluto dire: "Eccomi. Per Dio sono pronto a tutto". "Signore, eccomi, sono tuo", questo era il suo sospiro in ogni circostanza triste, che egli leggeva come voluto da Dio. A tutt'oggi non é noto perché fu condannato questo generoso servo di Dio a 12 anni di carcere, dove terminò il suo pellegrinaggio terreno."

 

        Conclusasi la lunga serie di interrogatori, il 21 settembre 1951 fu trasferito nel carcere del tribunale regionale di Bratislava. Qui si incontrò con P. Mikuláš Vladimir, il sacerdote greco-cattolico, che lo aveva conosciuto da ragazzo. Il compagno di prigione nel tribunale regionale di Bratislava così ricorda il tempo trascorso con P. Metodij: "So che sopportava il processo tranquillamente e con equilibrio, perché sono stato con lui in cella. ... Quando ci sono arrivato, ho trovato P. Trčka e Kapusta di Nove Mesto nad Váhom. Più tardi è venuto Špiriak, che fu condannato alla pena capitale. A Natale ancora eravamo tutti lì. Ricordo questo, perché P. Trčka era vestito in clergyman, pur avendo anche l'abito religioso. A Bratislava ha lasciato crescere la barba, senza la quale non so neanche immaginarlo. Per Natale ci hanno preparato il pesce, affinché sentissimo un po' dell'atmosfera di Natale. P. Trčka si è vestito con l'abito e ha fatto una piccola predica per noi. Ormai non ricordo di cosa ci ha parlato, ma probabilmente ci ha esortato a sopportare tutto con pazienza. La cella dove siamo vissuti non era grande. C'erano solo i letti, con cuscini di paglia e una tenda, dietro la quale vi era un vaso che serviva da gabinetto. A Bratislava, trattandosi del carcere tribunale regionale, abbiamo avuto anche le coperte, il proprio vestito, lo spazzolino e alcune piccole cose personali. Ci hanno dato cibo tre volte al giorno. Per la prima colazione c'era caffè e un pezzetto di pane, per pranzo la minestra con la pasta oppure ogni volta un pezzetto di carne con patate. Ma mai abbiamo mangiato abbastanza. All'inizio non ci hanno permesso di ricevere pacchetti. Più tardi ci davano un pacchetto di un chilo o due. Ogni mattina ci svegliavamo presto, alle cinque o sei, non ricordo bene, ma so che avevamo tanto tempo libero. Ciascuno ne ha approfittato come ha potuto. Infatti non ci hanno dato libri, e così non abbiamo letto niente. Anche con le lettere c'erano problemi perché erano sottoposte alla censura e tante neppure ce le hanno date. Con P. Trčka abbiamo anche pregato insieme. Non lo potevamo fare a voce alta, perché in cella non tutti erano credenti. Ciascuno pregava con le preghiere che sapeva a memoria, per esempio: il rosario e qualcosa dal breviario. Quando tutti dormivano, ci siamo confessati reciprocamente, per essere pronti a tutto. Il padre si preparava sempre così e prendeva tutto su di sé. Anche quando qualcuno era accusato di "azione contro lo stato", perché per i comunisti questo era azione contro lo stato, lui prendeva tutto su di sé. Diceva che lui era il superiore e così faceva tutto. Voleva proteggere tutti i redentoristi, perché non fossero incarcerati o interrogati. Credeva che una volta uscito fuori sarebbe potuto andare in una grande parrocchia, forse pensava alla città, dove ci sarebbe stato un sacrestano e si sarebbe potuta celebrare anche la santa liturgia. Purtroppo non è successo così."