La seduta in tribunale con P. Metodij era fissata il 21 aprile 1952. Il procuratore dello Stato l'accusava di collaborazione con il vescovo Gojdič, che diffondeva le sue lettere pastorali antistatali illegali e comunicava informazioni segrete attraverso i suoi superiori a Praga per Roma: tutto ciò ha suggerito di qualificare tali trasgressioni come crimini di alto tradimento e spionaggio. Quando gli hanno letto l'imputazione, P. Metodij ha riconosciuto la propria colpevolezza, però non nel senso della imputazione. Questa era stata ricostruita artificialmente e il risultato del tribunale - cioè la pena più dura - sembrava già prestabilito. Sul dibattimento pubblico riconobbe di non esser stato colpevole. Più volte gli fu chiesto perché la sua deposizione non concordasse con la precedente, rilasciata durante l'interrogatorio della polizia segreta dello Stato. Come risposta disse che le sue deposizioni erano molto cambiate, che lui non aveva mai detto tali cose e che aveva firmato perchè stava in cella d'isolamento. Dopo 20 minuti di consiglio in tribunale il giudice dello Stato ritenne univocamente P. Metodij Dominik Trčka come colpevole perché: 1.) dal 1946 fino a gennaio 1950 a Michalovce e altrove copiava e appoggiava con le finanze i ribelli di Bendera, il servizio Vaticano e i reazionari della gerarchia ecclesiastica, diffondeva inoltre le lettere pastorali illecite e antistatali dell'ex vescovo greco-cattolico Gojdič, si è alleato con queste persone nel tentativo di strappare dalla republica parte del suo territorio e sconvolgere la fondazione popolare-democratica e il sistema sociale e economico della republica, garantiti dalla costituzione; 2.) nel periodo 1945-1949 a Michalovce, a Obořiště e altrove passava informazioni spionistiche di carattere politico e riguardanti la sicurezza dello stato a spie del Vaticano, a Th.Dr Jan Mastiliak e al provinciale dei redentoristi a Praga Suchomel, così indirettamente ha trasmesso il segreto di Stato alla forza straniera; perciò ha commesso i crimini: ad. 1.) il delitto di alto tradimento secondo §1- cap. 1, lettera b/ e c/, cap. 2 legge numero 231/48 Sb. ad. 2.) il delitto di spionaggio secondo § 5, cap. 1 legge, numero 231/48 Sb. L'accusato Metodijio Dominik Trčka è condannato anche riguardo alle relative istituzioni secondo §.1 cap. 2 legge numero 231/48 e alle relative istituzioni § 18 legge penale e istituzioni §§96,99 legge numero V/1878, applicando § 91 legge numero V/1878 di 12 (dodici) anni di reclusione forzata come condanna generale. Le altre pene da commutarsi in pena pecuniaria pari a 20.000 corone, la confisca forzata di tutti i beni e la perdita totale dei diritti di cittadinanza per 10 anni. Riguardo alla gravità e quantità delle particolari circostanze in cui si trovava il colpevole, la corte di Stato ha imposto all'accusato la pena secondo il §91 legge numero V/1878, dandogli il minimo circa della pena richiesta, considerando la pericolosità della persona accusata e l'atto da essa compiuto per la società, perciò nella persona accusata si condanna il prete reazionario, autore di due gravi crimini antistatali e perciò la corte ha decretato, che la pena imposta è utile, in quanto all'accusato era impossibile compiere altri crimini. . L'avvocato ha invocato secondo la procedura penale la richiesta di appello, secondo il citato codice, alla corte suprema di Praga, ma questo appello il 12 giugno 1952 era stato respinto per insufficienti motivazioni addotte dall'avvocato. Dunque non poteva ottenere giustizia. Da quel tempo cominciò il suo lungo cammino di sofferenza, che finirà solo col martirio.