Dopo la sentenza fu portato ad Ilava, ma nel registro fu segnato sotto il numero 2535 e vi rimase incorporato fino a maggio. La vita in questo carcere fu molto difficile, specialmente per gli anziani. P. Metodij apparteneva ai prigionieri più deboli e la sua salute e l'età non gli permettevano di lavorare pienamente. La salute malferma suscitò in lui molta pazienza. La forza di sopportare la persecuzione l'attingeva certamente anche dalla Liturgia, che come sembra celebrava segretamente nella prigione. Dalla prigione di Mírov, alla quale arrivò da Ilava il 6 marzo 1953, come prigioniero con numero 1366/53 scrisse al nipote: "...chiedo qualche limone e uva passa, perché non c'e la frutta. Diversi pani: a treccia, un dolce e anche mi fa bene un panino di frumento puro con lievito e l'acqua, senza grasso e sale, almeno ogni tanto...". Così chiedeva pane e vino (uva passa), affinché potesse celebrare la santa Liturgia.

 

        Nella prigione di Mírov incontrò anche P. Mastiliak, che ricorda l'evento così: "Dopo qualche giorno mi hanno trasportato dal reparto tisico con l'itterizia infettiva proprio al reparto dove stava padre Trčka. Io però non lo sapevo. Un buon infermiere l'ha portato nella stanza per i tisici, vicino all'ospedale, perché quello aveva sentito che io ero venuto a Mirov e mi voleva vedere. La porta della nostra camera si è aperta e io ho potuto scambiare qualche parola con padre Metodij, sembra dopo quattro anni. Quest'incontro è stato molto emozionante da entrambe le parti."
        In agosto 1953 la famiglia di P. Trčka tentò di nuovo di farlo liberare, perché a maggio c'era amnestia, che però non si riferiva a lui. Nella richiesta allegano: "Chiedo, perciò di nuovo, che a causa dell'età anziana, le malattie, come anche per altre circostanze, gli sia rimessa la pena tramite la grazia." La richiesta non trovò eco. Il 17 agosto a P. Trčka sono sopraggiunti problemi di salute, visto che scriveva alla nipote di aver avuto problemi alle palpebre, chiedendole di comprarle gli occhiali. Alla fine del 1953 si ammalò anche di uremia, cosicché fu condotto in stato d'incoscienza all'ospedale di sant'Anna a Brno, dove c'era un reparto per i prigionieri più gravi e anche per gli interventi più difficili. Il suo stato era molto serio e i dottori ormai non s'aspettavano più che potesse lasciare l'ospedale di Brno. Quando P. Metodij scriveva alla nipote da Brno, non si lamentava di niente. Secondo lui fu mandato a Brno soltanto per una cura speciale alle vie urinarie. Alla fine non subì nessun'operazione e con gran meraviglia dei medici dopo qualche mese, il 18 marzo 1954, tornò a Mírov. P. Metodij attribuiva la sua guarigione all'intercessione di S.Anna, e le parole del P. Mastiliak lo confermano: "Poco prima della sua morte, mi raccontava in una cella a Leopoldov, dove eravamo insieme: quando salirono in ospedale, si svegliò e domandò: "Dove sono?". Gli risposero: "Nell'ospedale di Sant'Anna a Brno". Padre Trčka da giovane sacerdote era stato per qualche tempo nella nostra casa di Brno e sembra che già conoscesse questo ospedale. Allora disse: "Sant'Anna eccomi, fa di me tutto ciò che vuoi!" E Sant'Anna gli ha impetrato sei anni di vita. Pieno di gratitudine, mi rivelò quella volta il desiderio di situare, nella parte destra della nostra chiesa a Michalovce, un altare con l'immagine di Sant'Anna, che sarebbe stato circondato dai fiori." Che la sua salute fosse migliorata, lo confermano anche le sue parole, quando si ritrovò prigioniero con il numero 768, nella lettera alla nipote: "... La salute è migliorata grazie a Dio. In età avanzata la TBC non è così acuta come nella giovinezza e si può fermare..."