Le condizioni determinate dalla guerra non permettevano di realizzare tanti progetti, anzi rappresentarono ostacoli insormontabili. Dallo stato Slovacco i redentoristi di Michalovce erano sospettati, oltre che per la loro nazionalità ceca, anche di essere fanatici come i ruteni; altri invece li accusavano di fare propaganda ceca. Comunque tutto quello che facevano, era male interpretato e veniva sfruttato contro di loro, cosicché il cronista del tempo ha descritto la situazione con queste parole: "Da questo si può vedere come si vuole usare tutto contro di noi, affinché ci si possa espellere." La situazione peggiorò ancor di più nel 1940, quando il vescovo di Prešov Gojdič scrisse la lettera pastorale in occasione del censimento e P. Metodij fu accusato dalla polizia di diffondere la lettera e di inasprire così la situazione nazionale. Il 21 febbraio 1941 fu rinviato a giudizio a Michalovce, ma si dovette constatare che "l'accusa non conteneva nessun atto antistatale".E quindi P. Metodij fu prosciolto. Ma questa innocenza non ha cambiato l'atteggiamento negativo degli ufficiali nei confronti dei redentoristi e soprattutto verso il loro superiore P. Metodij. Non era cambiato neppure P. Metodij, convinto dell'opportunità di usare il calendario liturgico giuliano e anche dell'utilità di predicare in ruteno. Fu una buona occasione per ritirarsi ma al contempo per fare apostolato: era questo l'appello dell'ufficio diocesano di Prešov per sollecitare gli aiuti spirituali ai soldati dell'esercito slovacco e anche ai fedeli nel territorio dell'Ucraina. Si presentò con altri tre confratelli, ma gli uffici valutarono negativamente questo e così finirono tutte le aspirazioni.