Il 9 aprile 1942, liberato dall'ufficio di superiore, ricevette ringraziamenti dal nuovo superiore per il suo impagabile servizio. Si sentiva sollevato, poichè non doveva più emergere ufficialmente e poteva ritirarsi. Si dedicò quindi ad aiutare ancora per qualche settimana i parroci e spesso cambiò di residenza. A Michalovce rimase per poco tempo, e anche quando si trovò in quella casa non celebrò in pubblico. A causa di questi frequenti viaggi, nell'ottobre si ammalò gravemente, e il medico gli vietò di uscire. Dopo la guarigione però fu costretto a continuare il suo stile di vita "da pellegrino". Durante quel periodo però prestò aiuto in ogni modo a tutti quelli che glielo chiedevano. Così per esempio aiutò agli ebrei.
Dopo aver passato il fronte, P. Metodij tornò a Michalovce, dove in ottobre 1945 fu di nuovo nominato superiore. I rapporti con gli uffici migliorarono e come missionario esperto e come superiore ormai da molti anni, poté aiutare molto e ancora di più sviluppare l'apostolato tra i greco-cattolici. Come notò il cronista di allora, nell'occasione in cui accettò la carica ebbe a dire un breve messaggio, nel quale esortò i confratelli alla perfezione religiosa concludendo: "Preghiamo il Signore, affinché la otteniamo.". Il suo ardore e la fatica per la nascita della nuova viceprovincia indipendente dei redentoristi greco-cattolici fu coronata da successo. Il 21 dicembre 1945 fu eretta la nuova viceprovincia a Roma e il 23 marzo 1946 fu promulgata a Michalovce. Il suo primo superiore viceprovinciale fu P. Metodij Dominik Trčka. Quando accettò l'incarico tra l'altro disse: "... Cos'è questa nuova viceprovincia? Siamo noi qui presenti. Dipende da noi e da come la costruiremo. O su basi forti oppure fragili, in questo caso abbiamo cattive fondamenta...". Alla fine affidò la nuova viceprovincia alla protezione speciale della Madonna. Il fatto che fu davvero opportuno sceglierlo per il servizio di superiore, lo conferma anche un suo confratello, P. Štefan Lazor: "Il viceprovinciale è diventato P. Trčka, come tutti si aspettavano. Per questo ruolo era davvero il più adatto. Aveva l'autorità di un padre e autorevolezza ovunque negli uffici, sia ecclesiali sia civili, aveva grande esperienza. Non era un dittatore, che realizzava solo la sua idea, ma aveva sempre nella mente la santa congregazione." Sapeva esporre la sua opinione direttamente, ma aveva anche un grande cuore e comprensione per tutti. Era entusiasta per ogni iniziativa e prendeva in considerazione le buone proposte.
Negli anni 1946-48 P. Trčka si impegnò per la fondazione di nuovi monasteri a Stropkov e a Sabinov, la ricostruzione della chiesa di Stropkov e la formazione dei giovani redentoristi. Fu un periodo di sviluppo e di grandi speranze per il futuro. Come si è potuto vedere in seguito, non tutti i progetti si sono potuti realizzare, poiché quando il partito comunista giunse al potere, l'atteggiamento ostile dello Stato verso la Chiesa aumentò. I redentoristi erano controllati, soprattutto in chiesa e durante le prediche. In quanto superiore, P. Metodij era spesso chiamato negli uffici, dove era rimproverato, poichè permetteva di abusare del pulpito contro il regime attuale. Infatti il 19 luglio 1948 i membri della polizia fecero addirittura irruzione nel convento e perquisirono la casa, non trovando però nulla di compromettente.
