Después de la sentencia fue llevado a Ilava, pero en el registro fue asignado el numero 2535 y allí permanece incorporado hasta mayo . la vida en esta carcel fue muy difícil, especialmente para los anciano. P. Metodij pertenecía a los prisioneros más débiles y su salud y edad no le permitían de trabajar plenamente. La salud delicada suscito en el mucha paciencia. La fuerza de soportar la persecución le alcanzaba también para la liturgia, que como parece celebraba secretamente en prisión, de la prisión de Mirov, a la cual llego de Ilava el 6 de marzo de 1953, como prisionero con numero 1366/53 escribe a su sobrino: ".. pido algún limón y uva pasa, porque no tenemos frutas. Varios panes: manda, un dulce y también me viene bien un bollo de trigo puro con levadura y el agua, sin grasa ni sal,, al menos de vez en cuando...". Así pedía pan y vino (uva pasa), con el fin de poder celebrar la santa liturgia.

 

        En la prisión de Mirov encuentra también al P. Mastiliak, que recuerda el evento así: "Después de algún día me ha llevado del reparto tísico con la ictericia infectiva al reparto donde estaba el P. Trčka. Yo no lo sabia. Un buen enfermero le ha llevado a la habitación para los tísicos, cerca del hospital, por que había escuchado que yo había venido a Mirov y me quería ver. La puerta de nuestra habitación estaba entre abierta y he podido intercambiar alguna palabra con padre Metodij, parece que después de cuatro anos. Este encuentro ha estado muy emocionante para los dos."
        En agosto de 1953 la familia de P. Trčka intento de nuevo su liberación, porque en mayo era amnistiá, que después no se refería a el. En la petición alegaron: "Pido por esto de nuevo , que a causa de la edad anciana , las enfermedades, como por otras circunstancias, le sea perdonada la pena por trasmite de la gracia." La petición no encontró eco. El 17 de agosto el P. Trčka sobrevivió a los problemas de salud, ya que escribía a la sobrina de haber tenido problemas a los parpados, pidiéndole de comprarle unas gafas. Al fin de 1953 enfermo también de uremia , por lo que fue trasladado al hospital de Santa Ana en Brno, donde estaba un reparto para los prisioneros más graves y también para las operaciones mas difíciles. Su estado de salud era muy serio y los doctores ya no solo esperaban que abandonara el hospital de Bro. Cuando el P. Metodij escribió a la sobrina no se quejaba de nada. Según el fue mandado a Brno solo por una cura especial a las vías urinarias, al final no sufrió ninguna operación y con gran maravilla de los médicos después de cualquier mes, el 18 de marzo de 1954, regreso a Mirov. P. Metodij atribuía su curación a la intercesión de Santa Ana, y las palabras del P. Mastiliak lo confirmaban: "Poco antes de su muerte, me contaba en una celda en Leopoldov, donde estábamos juntos: Cuando salieron del hospital, se despertó y pregunto: "?Dónde estoy?". Le respondieron " en el hospital de Santa Ana en Brno". Padre Trčka de joven sacerdote había estado en por algún tiempo en nuestra casa de Brno y parecía que conocía este hospital. Ahora dice: "!Santa Ana aquí estoy, haz de mi todo lo que quieras! Y Santa Ana le ha dado seis anos mas de vida. Lleno de agradecimiento, me revelo aquella vez el deseo de situar, en la parte derecha de nuestra iglesia en Michalov, un altar con la imagen de Santa Ana, que Habría estado rodeada de flores. "Que su salud estuviese mejorada, lo confirman también sus palabras, cuando se encontró prisionero con el numero 768, en la carta a la sobrina: " La salud es mejorada gracias a Dios. en edad avanzada la TBC no es tan grave como en la juventud y se puede parar..." La sobrina del P. Metodij Trčka repetidamente probó a pedir la gracia también en el 1954, pero las oficinas competentes estaban siempre en contra. En la respuesta del tribunal regional de Bratislava, que la recibió al final de octubre, podemos leer: "El tribunal di Bratislava odd. 1, anuncia que por la decisión de la corte suprema del 13 de julio de 1954, la petición de gracia para el P. Metodij Dominik Trčka ha estado rechazada, por que los objetivos educativos de la pena no han estado alcanzados y el crimen era muy grave. Contra la decisión de la corte suprema no hay ningún medio adecuado..." Durante todo el tiempo de prision del P. Metodij , traidore del estado y espiá, el sacerdote greco-católico y religioso no se esperaba ningún amnistiá. De su correspondencia se ve el deseo claro de libertad y la esperanza que una vez ciertamente llegaría. Encomendaba su vida en las manos de Dios y atribuía a su voluntad el hecho que ahora viviese.