Tlak komunistického režimu voči Cirkvi stúpal a pociťoval to aj o. Metod ako predstavený gréckokatolíckych redemptoristov. Bol zrušený juvenát v Michalovciach, veľmi populárny časopis Misionár, ba dokonca aj viceprovincia, takže gréckokatolícki redemptoristi museli prejsť pod bratislavskú rímskokatolícku viceprovinciu. O. Trčka bol znova nútený odísť z Michaloviec. Za svoje sídlo si zvolil kláštor v Sabinove, odkiaľ tajne naďalej riadil členov viceprovincie. Navštevoval študentov v Obořišti i novicov na Červenke. "Nebol skľúčený, bol vždy plný živej viery." Povzbudzoval spolubratov, že ich "utrpenia nebudú daromné, lebo Boh dopúšťa, ale neopúšťa." Takáto situácia trvala až do Barbarskej noci z 13. na 14. apríla 1950.

Vo Veľkonočný štvrtok 13. apríla okolo jedenástej hodiny večer sa ozval ostrý buchot na dvere kláštora. Keď br. Nikifor otvoril vchodové dvere videl pred nimi stáť vládnych zmocnencov, ktorí prišli internovať komunitu v Sabinove. O. Jána Ďurkáňa a o. Efréma Kozelského odviezli do Prešova a o. Trčku a br. Nikifora do Podolínca. Štátny zmocnenec po obsadení kláštora podal na úrady správu o priebehu akcie: "... v Písomnostiach bol nájdený kompromitujúci materiál list Mastiláka z roku 1937 v ktorom ďakuje Mastilák z Ríma za velmi krásne zprávy z východného Slovenska. List je adresovaný Trčkovi. ... Bol nájdený aj cestovný pas na meno Trčku Metoda. Tieto listiny spolu s ostatným materiálom prevzala štátna bezpečnosť zápisnične. Úmysly Trčkove o jeho prechodu do zahraničia dosvedčuje i tá okolnosť, že deň pred odsunom pokúšal sa o vylákanie novej legitimácie, pravdepodobne na iné meno, lebo bol u sabinovského holiča u ktorého rozprával, že si dá oholiť bradu.

        Neskôr na základe týchto "usvedčujúcich materiálov", teda obyčajného listu spolubrata a vykonštruovanej historky o pokuse o útek do zahraničia na falošný pas, ktoré sa našli v kláštore, bol o. Metod odsúdený na 12 rokov utrpenia vo väzniciach! Tento kríž prijal s nádejou a dôverou v Boha, ktorý dávajúc kríž dáva aj silu niesť ho.