Začiatkom roka 1951 neter o. Trčku pani Mikišová písala žiadosti na Štátne úrady do Bratislavy i do Prahy, v ktorých požadovala uvoľnenie strýka, alebo aby ho ako občana českej národnosti preložili z Podolínca na Moravu, do blízkosti jej bydliska a ak by to bolo možné, vzala by si ho k sebe a starala sa o neho na vlastné náklady. Odpoveď na jej tri žiadosti prišla až v júni. V zamietavej odpovedi, ktorú dostala, sa píše: "Vaši žádosti ze dne 20. května 1951 o propuštění Vašeho strýce P. Dominika Trčky nebo jeho přemístnění do českých krajů nelze t.č. vyhověti. Ujišťuji Vás, že o Vašeho strýce je po všech stránkách dobře postaráno a nutno míti víru v to, že Váš strýc bude svého času dle možnosti propuštěn." Skutočne to bola pravda, že mal o seba dobre postarané, veď ho strážili väzenskí dozorcovia...
        V Podolínskom tábore bol pre internovaných režim dňa síce ako vo väznici, ale kňazi a rehoľníci sa predsa len nedali zlomiť. Povzbudzovali sa navzájom a, čo bolo veľmi dôležité, mohli sa modliť, slúžiť sv. liturgie, sláviť cirkevné sviatky. Aj preto mohol 27. marca 1951 napísať z Podolínca: "Průvod na Vzkříšení jsme měli velmi krásný na našem nádvoří. Ale na druhý den nám napadlo hodně sněhu." Oveľa ťažšie sa však žilo tým, ktorým hrozila vyšetrovacia väzba a následné väzenie. Žili pod psychickým tlakom v ustavičnej neistote o budúcnosť. Medzi nich patril aj o. Trčka. Michal Fitz vo svojom zozname 72 internovaných gréckokatolíckych kňazov v Podolínci ku dňu 1. august 1951 menuje ešte aj o. Dominika Trčku, redemptoristu, ale 8. augusta bol už vzatý do väzby. O. Ján Ďurkáň, jeho spolubrat a spoluväzeň z Podolínca na túto udalosť spomína: Bol som očitým svedkom, ako s vojenským krokom kráčal a postavil sa k autu, ktoré po neho prišlo, aby ho odviezlo do žalára za vinu bez-viny, ako by chcel povedať: "Tu ma máte. Pre Boha som na všetko hotový." "Pane Bože, tu ma máš!" - bolo jeho vzdychom v každom nešťastí a nemilom Božom dopustení. Dodnes nie je známe, prečo mohol byť tento obetavý služobník Boží odsúdený na 12 rokov väzenia, kde aj dokonal svoju pozemskú púť..."

 

        Po skončení vyšetrovania bol prevezený 21. septembra 1951 do väznice Krajského súdu v Bratislave. Tam sa stretol s O. Mikulášom Vladimírom, gréckokatolíckym kňazom, ktorého poznal už od detstva. Jeho spoluväzeň z Bratislavy z Krajského súdu na časy s o. Metodom spomína: "Viem, že súdny proces znášal pokojne a vyrovnane, pretože som s ním bol na jednej cele. Mňa do Bratislavy previezli zo Žiliny, okolo polovice novembra 1951. Najprv ma držali týždeň alebo dva na samotke a potom ma dali do cely. V cele boli traja väzni a neskôr štyria. Keď ma dali do cely, našiel som tam o. Trčku a Kapustu z Nového Mesta nad Váhom. Neskôr prišiel aj Špiriak, ktorý bol odsúdený na smrť. Na Vianoce sme tam ešte boli. Pamätám si to, lebo o. Trčka chodil síce v kňazskom civile, ale mal tam aj svoju reverendu. V Bratislave si zapustil bradu, bez ktorej si ho ani neviem predstaviť. Na Vianoce nám urobili rybu, aby sme cítili trošku z tých Vianoc. O. Trčka sa vtedy obliekol do reverendy a mal k nám preslov. Už sa nepamätám, čo to bolo, ale pravdepodobne o tom, aby sme to trpezlivo znášali. Cela, v ktorej sme bývali, nebola veľká. Vošli sa do nej len postele, ktoré mali slamené podhlavníky a plenta, za ktorou bola nádoba, ktorú sme používali ako WC. V Bratislave, pretože to bola Súdna väznica, sme mali aj deky, vlastné oblečenie, zubné kefky a nejaké drobné osobné veci. Stravu sme dostávali trikrát denne. Ráno bola čierna káva a kúsok chleba, na obed polievka a na to dali nejaké rezance, alebo niekedy aj kúsok mäsa zo zemiakmi. Lenže najesť sme sa nikdy nenajedli. Zo začiatku nepovolili ani balíčky. Až neskôr bol to len dvojkilový alebo kilový balíček. Každé ráno sme vstávali skoro, o piatej alebo šiestej, to už si presne nepamätám, ale viem určite, že sme mali veľa voľného času. Každý ho využíval ako vedel. Knihy sme totiž nedostávali a tak sme nič nečítali. Aj s listami bol problém, lebo boli cenzurované a mnohé nám ani nedávali. My s otcom Trčkom sme sa aj modlili. Nemohli sme to robiť nahlas, lebo v cele neboli všetci veriaci. Každý sa modlil to, čo vedel naspamäť, napr. ruženec a čo si pamätal z časoslova. Keď spoluväzni driemali alebo spali, vzájomne sme sa spovedali, aby sme boli pripravení na všetko. On sa vždycky tak chystal a všetko bral na seba. Aj keď niekto mal v úvodzovkách povedané "protištátnu činnosť", lebo pre komunistov to bola protištátna činnosť, on bral všetko na seba. Hovoril, že on bol predstavený a všetko zariaďoval. Chcel tým chrániť všetkých ostatných redemptoristov, aby neboli väznení alebo aby ich nevypočúvali. Veril, že sa raz dostane von a potom pôjde na niektorú väčšiu faru, asi myslel do mesta, že tam bude kostolníkom a tam bude slúžiť aj svätú liturgiu. Žiaľbohu k tomu nedošlo."