Súdne pojednávanie s o. Metodom bolo určené na 21. apríla 1952. Štátny prokurátor ho obviňoval zo spolupráce s vladykom Gojdičom, že rozširoval jeho ilegálne protištátne pastierske listy a podával skrze svojich predstavených v Prahe tajné informácie do Ríma, čo navrhoval kvalifikovať ako zločin velezrady a vyzvedačstva. Keď mu prečítali obžalobu, o. Metod priznal, že sa cíti vinný, ale nie v zmysle obžaloby. Tá totiž bola vykonštruovaná a výsledok súdneho pojednávania zdal sa byť už vopred jasný - čím vyšší trest. Na hlavnom verejnom pojednávaní priznal, že sa necíti vinný. Viackrát dostal otázku, prečo sa jeho výpoveď nezhoduje s tým, čo hovoril vo výpovediach počas vyšetrovania na Štátnej bezpečnosti. Ako odpoveď uviedol, že jeho výpovede sú hodne skreslené, že on tak nevypovedal a zápisnicu preto podpísal, lebo bol na samotke. Po 20 minútovej porade Štátny súd uznal jednohlasne Metoda Dominika Trčku za vinného že: 1.) Od roku 1946 do januára 1950 v Michalovciach a inde ukrývaním a finančným podporovaním benderovských rozvratníkov a v službách Vatikánu a reakčnej časti vysokej cirkevnej hierarchie rozširovaním ilegálnych protištátnych pastierskych listov bývalého gr.kat. biskupa Gojdiča sa spolčil s uvedenými ku pokusu na odtrhnutie od republiky časť jej územia a na rozvrátenie ľudovodemokratického zriadenia a spoločenskej a hospodárskej sústavy republiky, ktoré sú zaručené ústavou 2.) v čase od r. 1945-1949 v Michalovciach, v Obořišti a inde podávaním špionážnych zpráv politického a štátobezpečnostného rázu vatikánskym špiónom Th. dr. Jánovi Mastilákovi a pražskému provinciálovi redemptoristov Suchomelovi nepriamo vyzradil štátne tajomstvo cudzej moci, čím spáchal: ad.1.) zločin velezrady podľa § 1 ods. 1 písm.b/ a c/, ods. 2 zák.č. 231/48 Sb. ad.2.) zločin vyzvedačstva podľa § 5 ods. 1 zák.č.231/48 Sb. Obvinený Metodej Dominik Trčka trestá sa za to: Podľa § 1 ods. 2 zák.č.231/48 Sb. s ohľadom na ustanovenia § 18 Trz. a so zreteľom na ustanovenia §§ 96, 99 zák.čl.V/1878 s použitím § 91 zák.čl.V/1878 na 12 /dvanásť/ rokov odňatia slobody, ako trest hlavný. Ako vedľajšie tresty dostal peňažitý trest vo výške 20 000 korún, konfiškáciu celého majetku a stratu občianských práv na desať rokov. Vzhľadom na závažnosť a počet poľahčujúcich okolnosti Štátny súd obvinenému vymeral trest s použitím § 91 zák.čl.V/1878 a to blízko najnižšej výmery trestnej sadzby primerane jeho vine, pričom vzal do ohľadu nebezpečnosť osoby obvineného a ním spáchaného trestného činu pre spoločnosť, keďže v osobe obvineného ide o reakčného kňaza, ktorý sa dopustil dvoch ťažkých protištátnych trestných činov a preto súd je toho názoru, že uložený trest je potrebný k tomu, aby obvinenému bolo zabránené v ďalšej trestnej činnosti. Advokát síce, ako bolo všeobecným zvykom, podal odvolanie na Najvyšší súd do Prahy, ale ten odvolanie 12. júna 1952 ako bezdôvodné zamietol. Spravodlivosti sa teda už dovolať nemohol. Od toho času začal svoju dlhú cestu utrpenia, ktorá mala skončiť mučeníckou smrťou.