Po súdnom pojednávaní bol prevezený do Ilavy, ale do kartotéky pod číslom 2535 ho zaradili až v máji. Väzenský život bol veľmi ťažký a zvlášť pre ľudí v pokročilom veku. O. Metod patril k telesne slabším väzňom a jeho zdravotný stav a vek mu už nedovoľovali naplno pracovať. Svojou chorľavosťou sa však neznechucoval. Silu vytrpieť prenasledovanie čerpal určite aj na bohoslužbách, ktoré ako sa zdá tajne vo väzení služieval. Z mírovskej väznice, kde ho 6. marca 1953 priviezli z Ilavy, ako väzeň č. 1366/53 písal neteri: "... prosím nějaký citrón a hrozinky, zatím co není jiné ovoce. Z pečiva: vánočku, sladkosti a dělá mi dobře pěčivo z pšeničné čisté mouky na kvasnicích a vodě, bez tuku a soli, alespoň občas...". Takto prosil o chlieb-pečivo a víno-hrozienka, aby mohol tajne slúžiť sv. liturgiu.

 

        V mírovskej väznici sa stretol aj s o. Mastiliakom, ktorý na toto stretnutie spomína: "Po niekoľkých dňoch ma z tuberkulózneho oddelenia previezli s infekčnou žltačkou na oddelenie, kde ležal aj vsdp. Otec Trčka. O tom som však nevedel. Nejaký dobrý ošetrovateľ ho doviedol k izbe tuberkulóznych, veľmi blízko nemocnice, lebo sa dozvedel, že som prišiel na Mírov, a chcel ma vidieť. Otvorili sa dvere do našej izby, a ja som pri dverách mohol pár chvíľ prehovoriť s vspd. Otcom Metodom - asi po štyroch rokoch. Bolo to pohnuté stretnutie na obidvoch stranách."
        V auguste 1953 sa rodina o. Trčku znova pokúšala o jeho oslobodenie, pretože májová amnestia sa na neho nevzťahovala. V žiadosti uvádzala: "Žádám proto znovu, aby vzhledem k jeho vysokému stáří, neduhu, jakož i ostatním okolnostem byl mu trest cestou milosti pominut." Žiadosť ale nenašla svoju odozvu. 17. augusta u o. Trčku nastali zdravotné ťažkosti. Oznamoval neteri, že dostal katar očných viečok a prosil ju, aby mu kúpila okuliare. Koncom 1953 ochorel aj na urémiu, takže ho len v bezvedomí previezli do brnenskej nemocnice sv. Anny, kde bolo väzenské oddelenie pre najťažších väzenských pacientov a pre ťažšie operácie. Jeho stav bol taký vážny, že lekári už ani neočakávali, že sa ešte z brnenskej nemocnice vráti. Keď o. Metod písal 7. marca neteri z Brna, nesťažoval sa na nič. Podľa jeho slov bol poslaný do Brna len na odborné liečenie močových ciest. Nakoniec operovaný nebol a na veľké prekvapenie lekárov sa po niekoľkých mesiacoch, 18. marca 1954 vrátil späť na Mírov. Svoje uzdravenie o. Metod pripisoval príhovoru sv.Anny, čo potvrdzujú slová o. Mastiliaka: "Krátko pred smrťou, keď sme boli spolu na jednej izbe v Leopoldove, mi rozprával: Keď ho vynášali po schodoch v nemocnici, prebral sa z bezvedomia a opýtal sa: "Kde som to?" Povedali mu: "V nemocnici sv. Anny v Brne." Otec Trčka bol ako mladý kňaz nejaký čas v našom kláštore v Brne a akiste nemocnicu sv. Anny poznal. Vtedy si povedal: "Svätá Anna, tu ma máš. Rob so mnou čo chceš! - A sv. Anna mu vyprosila ešte šesť rokov života. Plný vďačnosti vyslovil mi vtedy v Leopoldove želanie, aby sa v michalovskej cerkvi Sv. Ducha po pravej strane uprostred postavil obraz sv. Anny s oltárikom a predsieňou pre kvetiny." O tom, že sa jeho zdravotný stav zlepšil, svedčia aj jeho slová už ako väzňa č. 768, v liste neteri: "... Zdaví se poněkud chvála Bohu zlepšilo. Ve stáří TBC není tak ostré jako v mládí a dají se brzdit ....".