Vojnová situácia však mnohé plány nedovoľovala realizovať, ba priam naopak, kládla neprekonateľné prekážky. Za Slovenského štátu michalovskí redemptoristi boli niektorými označovaní, napriek svojej českej národnosti, ako rusínski fanatikovia, iní ich zasa obviňovali z pročeskej agitácie. Čokoľvek robili, všetko bolo využívané a zneužívané proti ním, takže vtedajší kronikár to opísal slovami: "Z toho je vidět, jak se všeho proti nám chce užít, aby nás mohli vyhnat." Situácia sa ešte viac vyhrotila potom, čo v novembri 1940 prešovský vladyka Gojdič vydal pastiesky list pri príležitosti sčítania ľudu. O. Metoda polícia obviňovala, že tento list rozširuje a roznecuje národnostné nepokoje. 21. februára 1941 bol predvolaný pred súd v Michalovciach, ale po prešetrení sa muselo skonštatovať, že "obžaloba neobsahuje žádný protistátní čin" a preto bol o. Metod od obžaloby oslobodený. Tento výrok však nezmenil negatívny postoj úradov voči redemptoristom a hlavne ich predstavenému -o. Metodovi. Nezmenil sa ani sám o. Metod, ktorý bol presvedčený o správnosti riadenia sa juliánskym liturgickým kalendárom a tiež, že gréckokatolíkom je potrebné kázať po rusínsky. Dobrou príležitosťou stiahnuť sa do ústrania, ale zároveň aj naďalej apoštolovať bola výzva prešovského eparchiálneho úradu o duchovnú pomoc pre vojakov Slovenskej armády a veriacich na území Ukrajiny. Prihlásil sa spolu s troma spolubratmi, ale úrady voči tomuto zaujali negatívny postoj a tak tieto snaženia stroskotali. Keď bol 9. apríla 1942 oslobodený od úradu ihumena, nový predstavený mu poďakoval za jeho neoceniteľné služby. Uľavilo sa mu, lebo už nemusel verejne vystupovať a mohol sa stiahnuť do ústrania. Chodil aj na niekoľkotýždňové výpomoci k známym farárom a častokrát menil miesto svojho pobytu. V Michalovciach prebýval málo a ak aj bol v kláštore, verejne neslúžil. Z toho častého cestovania v októbri ťažko ochorel, takže lekár mu zakázal vychádzať vonku. Po uzdravení aj naďalej praktizoval nútený "túlavý spôsob života". Počas tohto obdobia však pomáhal akýmkoľvek spôsobom všetkým, ktorí ho o to poprosili. Takto napríklad pomáhal aj Židom tým, že u farára Teodora Prišľaka v Krajnej Bystrej im vybavoval krstné listy.